খ্রিষ্টীয় দ্বিতীয় শতাব্দীতে বিখ্যাত ভৌগোলিক টলেমীর মানচিত্রে গঙ্গা-নদীর অববাহিকায় কয়েকটি ক্ষুদ্র দ্বীপ দেখা যায়। এই ক্ষুদ্র দ্বীপাঞ্চলকে কুষ্টিয়া অঞ্চল মনে করা হয়। গঙ্গা অথবা অন্য জলময় স্থানের বুক থেকে জেগে উঠা এই উর্বর দ্বীপাঞ্চলে দক্ষিণবঙ্গ থেকে পুন্ডু, বা পোদ জাতি এবং পার্শ্ববর্তী অঞ্চল থেকে অন্যান্য জাতির লোকেরা চাষাবাদ কিংবা প্রচুর মৎস্যলাভের আশায় দলে দলে এসে বসতি স্থাপন করেছিল বলে অনুমিত হয়। ভারতকোষগ্রন্থে কুষ্টিয়া অঞ্চল সন্মন্ধে বলা হয়েছেঃ “নদীবিধৌত গাঙ্গেয় ব-দ্বীপ অঞ্ছলের পলিগঠিত সমভূমিতে অবস্থিত বলিয়া ইহার মৃত্তিকা অত্যন্ত উর্বর ও কৃষির পক্ষে উপযোগী। সুতারাং কৃষি উপযোগী ভূমি আর অসংখ্য নদী-নালা খাল-বিলে প্রচুর মৎস্য - এই দুটির আকর্ষণেই যে এ অঞ্চলে কৃষিজীবী এবং মৎস্যজীবী সম্প্রদায়ের আগমন ঘটেছিল এ অনুমান যুক্তিসঙ্গত।

কুষ্টিয়া আগে দ্বীপাঞ্চল ছিলো। এখানে বহু গাছগাছালি ছিলো বিশেষ করে বাবলা গাছ। সেই সমস্ত গাছে বহু কাক বাস করত। তাই অনেক আগে কুষ্টিয়ার নাম ছিলো ' কাকদ্বীপ'। অনেকের মতে কুষ্টা (পাট) থেকে 'কুষ্টিয়া ' নামের উৎপত্তি। দেশ বিভাগের আগে বৃহত্তর কুষ্টিয়ার নাম 'নদীয়া' ছিলো। ১৯৪৭ সালের ১৪ই আগস্ট পাকিস্তান প্রতিষ্ঠার সময় বর্তমান কুষ্টিয়া জেলা মুসলিম সংখ্যাগরিষ্ঠ অঞ্চল হিসেবে পুর্ব বাংলার অন্তর্ভুক্ত হয়। তার আগে বর্তমান কুষ্টিয়া জেলা ছিলো অবিভক্ত। বাংলাদেশের প্রেসিডেন্সী বিভাগের অন্যতম নদীয়া জেলার অংশ।

কুষ্টিয়াবাসী পাটকে অঞ্চলিক ভাষায় কোষ্টা বলতো। কুষ্টা থেকে কুস্টে তা থেকে কুষ্টিয়া নামের উৎপত্তি। কবি গোলাম মোস্তফার মতে ' দ্রাবিড় ' শব্দ থেকে কুষ্টিয়া নামটি এসেছে। কারো কারো মতে ফরাসী কুশতহ বা কোস্তা থেকে কুষ্টিয়া নামের উৎপত্তি। ষোড়শ শতাব্দীর প্রথমার্ধে কুষ্টিয়ায় মোঘল শাসন সুপ্রতিষ্ঠিত হয়। মোঘল আমলে কুষ্টিয়া সরকার ফতেহাবাদ ও সরকার ভুষনার অধীনে ছিলো।